東晉隆安五年（公元401年）歲尾，桓玄寫信指斥朝政說：“今日朝廷顯貴，誰是時流清望？豈能說沒有出類拔萃的，只是朝廷不能信任。Www.Pinwenba.Com 吧因為過去朝政的失誤，才釀成今日之禍患。朝廷上的君子，怎能沒有看法！但因有身家性命之慮，故不敢說話。我在朝廷之外任職，所以能揭露事實。”

這是明晃晃的人身攻擊，沒有任何的掩飾。司馬元顯讀后大為恐慌，覺得這小子步步緊逼，早晚要惹禍，于是決定征討桓玄。桓玄的部下、武昌太守庾楷則擔心桓玄結怨朝廷，一旦失敗而禍及自己，暗中派人與司馬元顯聯系，答應作為內應，司馬元顯大喜，更加堅定了解決桓玄的決心。

桓玄聽到朝廷將要對自己下手的消息，立刻先下手為強，派人切斷長江航運，致使建康漕運斷絕，物資無法供應，官軍士兵不得不以谷皮、橡子面這些牲口的東西充饑。自古就沒聽說餓兵能打仗的，工農紅軍例外。桓玄夠狠，這一個絕戶計給司馬元顯的行動造成了嚴重困難。

東晉元興元年（公元402年）一月，新年剛過，司馬元顯任命鎮北將軍劉牢之率北府兵為前鋒都督，命令前將軍、譙王司馬尚之為后軍，稱詔舉兵討伐桓玄。

官軍將要出發之際，桓玄堂兄桓石生時為太傅長史，及時送來了緊急秘密報告。桓玄原以為揚州一帶鬧饑荒，孫恩農民起義尚未剿滅，朝廷顧不上討伐自己，正可穩坐釣魚船積蓄力量，觀察形勢。突然接到桓石生的報告，得知司馬元顯興師問罪，這是公開翻臉，心中不免恐懼起來，打算固守江陵，躲在城墻后面看一看再決定如何下注。

長史卞范之看到了危險，對老板說：“公威名遠揚，謀略震動天下，司馬元顯乳臭未干，劉牢之不得人心。如果兵臨京畿，恩威并施，則土崩瓦解之勢信手拈來，哪有請敵入境而自己削弱自己的道理！”

桓玄聽了以后一琢磨，覺得很有道理，出門砍人是主動行為，啥時動手主動權在自己手里，總比在家挨板磚劃算。當即留下桓偉守住江陵老巢，上表朝廷譴責司馬道子父子擅權，然后率打手沿江東下。大軍迅速抵達尋陽，發布檄文，列舉司馬元顯的種種罪行，達到批倒批臭的目的。檄文傳到京都，震動內外，司馬元顯嚇得不敢下令開船。

其實，江南戰亂頻仍，人民渴望太平生活，桓玄窩里反大失人心。這一點，他自己也明白，自覺以下犯上不占理，惟恐將士不為所用，經常在暗地里算小九九，一有風吹草動就準備溜之大吉。及至兵過尋陽，不見朝廷軍隊蹤影，桓玄不禁大喜過望，暗暗感謝司馬元顯的八輩祖宗。桓玄的小弟們也個個精神振奮，大軍橫沖直闖，沿路如入無人之境。桓玄兵抵姑孰，擊敗譙王司馬尚之的小弟，襄城太守司馬休之棄城而逃。朝廷的軍隊一潰千里，唯有北府兵的戰斗力沒有受到挫傷，而這是桓玄最為懼怕的。當時，劉牢之率北府兵主力兵駐扎在冽洲，駐足觀望，沒有采取人和敵對措施。桓玄一看有門，于是遣使勸降。

劉牢之是一員虎將，很能打，淝水之戰中厥功甚偉，堪稱民族英雄。朝廷論功行賞，讓他在謝玄死后掌管著朝廷精銳的北府兵。但這個人人品有問題，慣于見風使舵，哪頭風硬就往哪頭倒，誰給的錢多就拜誰為大哥。果然，劉牢之拒絕了劉裕和外甥何無忌的請戰要求，接受了桓玄開出的價錢，“劉牢之遣子敬宣詣玄降。”

沒有了北府兵在大道前擋道，桓玄揮兵直驅建康城外的新亭。司馬元顯的小弟不戰自潰，棄船逃回京城，與其父司馬道子在相府相對而泣，終被桓玄所擒。

桓玄進入京師，控制了中央政權，矯詔曰：“義旗云集，罪在元顯。太傅已別有教，其解嚴息甲，以副義心。”桓玄掌權后，“增班劍為六十人，劍履上殿，入朝不趨，贊奏不名。”桓玄派頭十足，已大有魏武王曹孟德的風范。

桓玄一朝權在手，開始報恩仇。奏請朝廷斬殺司馬元顯、譙王司馬尚之、尚之之弟司馬恢之、司馬允之及庾楷父子等對頭。朝廷現在就是橡皮圖章，哪里有發言權，照準就是。桓玄下令流放司馬道子到安成郡（治今江西安福橫屋村一帶），沒等上路就賞了一杯毒酒。桓玄深知劉牢之這個人靠不住，明升暗降，任命為會稽內史，解除了兵權。同時，他又對桓氏族人大加封賞：以其兄桓偉為安西將軍、荊州刺史；以堂兄桓謙為左仆射，加中軍將軍，掌管朝中用人權，以堂兄桓石生為前將軍、江州刺史；以堂兄桓修為右將軍、徐兗二州刺史。同時，又委命自己的小弟卞范之為建武將軍、丹陽尹，任命自己的姐夫殷仲文為侍中。

與前代跋扈權臣一樣，大事安排完畢，桓玄出鎮姑孰，以示對權力沒有非分之想。但實際上可不是如此，桓玄在姑熟遙控朝政，朝中大政皆要他點頭后才可施行，“小事則決于桓謙、卞范之”。

桓玄當權之初，還能有所作為，政治頗有起色。他大力整肅朝綱，罷黜凡庸之輩，遠奸佞之臣，選用賢才，時局有所好轉，京城內一時掌聲雷動。為了革除嶺南貪污奢靡的弊政，他選派清官吳隱之出任廣州刺史。吳隱之不負所托，以身作則，廉潔奉公，短期內使嶺南風氣為之一變。為此，他大加贊賞，稱道吳隱之“處可欲之地，而能不改其操”，“革奢務嗇，南域改觀”，提拔吳隱之“為前將軍，賜錢五十萬，谷千斛。”桓玄看到了東晉朝廷長期積累的社會矛盾，試圖革除豪強兼并，強弱相凌，百姓流離的劣政，但因阻力重重，加之政令繁密互相矛盾而無法實行。針對晉末佛教開始盛行，傷政害民的弊端，桓玄提出僧尼還俗，打擊寺院經濟的主張，并親自下達了淘汰僧尼的命令，除了那些精通佛理、恪守戒律的佛教徒外，其他混飯吃的僧尼一律淘汰，還俗為民，回家種地交租子。桓玄在命令中說：

“佛所責無為，殷勤在于絕欲。而比者陵遲，遂失斯道。京師競其奢淫，榮觀紛于朝市。天府以之傾匱，名器為之穢黷。避役踵于百里，逋逃盈于寺廟，乃至一縣數千，猥成屯落。邑聚游食之群，境積不羈之眾，其所以傷治害政，塵宰佛教，固已彼此俱敝，實污風軌矣！”

桓玄的舉動符合時代發展潮流，順民心，得民意，然而這一切不過是曇花一現。當上中央領導不久，桓玄的紈绔子弟的毛病復發，奢豪之態復萌，最要命的是他主意太多，一拍腦袋就是一個，手下的小弟搞宗派抱山頭之風愈演愈烈。更有甚者，這小子把自己的嬸娘弄到床上，當然是脫光了，生生把自己的名聲搞得惡臭。或許是天怒人怨，這時，三吳發生大饑饉，餓殍遍地，戶口減半，會稽郡人口只剩三、四成，臨海、永嘉郡死亡殆盡，地主家都沒有余糧了，很多有錢人身穿名牌，懷抱金玉，閉門相守餓死。

在這種情況下，桓玄還不深刻的反省，與人民共休息，反而加緊篡權的步伐。自古權臣立威，沒有不殺大臣的，桓玄也沒有脫離這個套路，首先大殺北府舊將以絕后患。吳興太守高素、冠軍將軍孫無終等多人都被剁了。

劉牢之被調為會稽內史，當即大驚失色，自己嘆息道：“開始就奪我兵權，大概要大禍臨頭了。”劉敬宣主張趁桓玄立足未穩，先發制人。當時，北府兵的主力駐扎在廣陵，領兵的頭兒是高雅之，是劉牢之的鐵桿粉絲。但是，劉牢之最擔心的是劉裕，他的態度能決定北府兵的斗志。于是，劉牢之找到自己原來的部下劉裕，試探說：“現在只能去廣陵，在那里高舉義旗，你能跟我一起去嗎？”

劉裕內心認為劉牢之信用透支，成不了大事，這時看不清前途，明哲保身最為重要，于是斷然拒絕：“將軍以雄兵數萬，投降桓玄，大失人心。現在桓玄得志，威震天下，民眾擁戴。廣陵之兵難道會為你火中取栗嗎？我萬念俱灰，無所要求，就想著回家安度余生。”

劉牢之的外甥何無忌也對前途悲觀，問劉裕自己去向，劉裕說：“我看劉牢之肯定會失敗，你可隨我返回京口。從目前形勢看，桓玄還得利用我們。若桓玄守晉臣之節，我就與你輔助他；否則，我就與你共謀消滅他。”何無忌認為很對，與劉裕同返京口。

劉裕離開后，劉牢之策劃造反，召集舊部，商議以廣陵為根據地，興兵討伐桓玄。他的老部下，參軍劉襲氣沖沖的說道：“將軍以前反王恭，近日反司馬元顯，今日又反桓玄，一人三反，何以自立！”說罷，扭頭就走，其余的人也是一哄而散。劉牢之無計可施，帶著家丁北逃，想一想憋屈，一根繩子就把自己掛到了大樹上。

在桓玄的屠刀之下，劉軌、劉敬宣等大佬級人物被迫北逃，分別投奔南燕和后秦。接著，威脅朝廷以平司馬元顯之功，封自己為豫章公，又以平殷仲堪、楊佺期之功，封桂陽郡公，然后改賜子侄。又讓朝廷發詔避其父桓溫諱，有姓名同者一律更改，贈其母馬女士豫章公太夫人。

異己清除的差不多了，滿朝都是自己的小弟，桓玄“諷朝廷”封自己為豫章公，食邑七千五百戶。接著，他又自導自演，先上詔表示要“北伐姚興”，讓人民看到自己英武雄健的一面，但上戰場砍人可不是鬧著玩，萬一打輸了可就前功盡棄了，桓玄沒那么傻。自己派人以朝命“下詔阻之。”世上最難塞的就是人民悠悠之口，特別是中國人向來是小道消息的專家，他的小把戲傳的地球人都知道了，所有的人都知道他是騙子。

在姑孰遙控朝政期間，桓玄建造了數艘輕巧小船，遍載書畫古玩奇物，黑天白夜有小弟看守。左右小弟很奇怪，書畫古玩不在中堂掛著，放到小船上干什么！于是叩問老板請教。桓玄的回答讓他們大跌眼鏡：“兵荒馬亂的，倘有意外，這些東西輕而易運。”小弟們聞之一笑，都知道這小子長不了，心里開始和桓玄離心離德。

東晉元興二年（公元403年）九月，桓玄大哥桓偉病卒，桓玄失去了有力的強援，想到以堂兄桓修代領荊州刺史一職，為其屬下所阻，說：“桓謙、桓修兄弟專據內外，權勢太重，小心大權旁落。”于是，桓玄就以堂兄桓石康為荊州刺史。

一切準備就緒，桓玄加快了篡晉的步伐。其左右親信卞范之、殷仲文等人都暗勸他早受晉禪，時間長了，夜長夢多，私下已經把九錫文和冊命準備妥當。十月，東晉朝廷以桓玄為相國，總百揆，封十郡，為楚王，加九錫，楚國置丞相以下官。

新野江湖老大庾仄是殷仲堪的小弟，殷仲堪兵敗后賦閑在家，聽說桓玄受九錫，知道這小子要分裂黨，自絕于人民。于是，趁桓偉剛剛死亡，桓石康還沒上任的機會，乃起義兵，南蠻參軍庾彬、安西參軍楊道護、江安令鄧襄子謀為內應。

庾仄突襲桓玄的小弟馮該于襄陽，馮該受到突然的打擊，一敗涂地，逃了。庾仄的軍隊擴大到七千之眾，于城南設壇，祭拜晉朝祖宗七廟，江陵震動。

桓溫的孫子桓亮以討庾仄為名起兵于羅縣，自號平南將軍、湘州刺史，實際上就是打算自己當領導。南蠻校尉羊僧壽與桓石康共攻襄陽，庾仄軍隊抵抗失利，軍隊潰散，無奈之下投奔了后秦老板姚興，庾彬等人跑得慢被俘遇害。長沙相陶延壽以桓亮乘亂起兵，圖謀不軌，派兵攻擊，把他給抓了。桓玄把桓亮流放到衡陽，剁了其同謀桓奧等人。

桓玄已經控制了朝政，為了制造民意，假惺惺的“上表求歸藩”，同時，他又派人指使缺心眼的安帝遣使宣旨，“手詔留之”。桓玄還覺得表演不充分，再一次上表固請，然后又安排小弟暗地里下手，讓傻老板“手詔固留焉。”

這蛋扯的，誰都知道老板缺心眼，桓玄偏偏找了這么一個對手，欺負傻子，也不怕天下人笑話。

為了證明自己天命所歸，桓玄還到處使人散布錢塘臨平湖開、江州甘露降這樣的祥瑞，宣示自己登帝位的吉兆。因為實在找不出更多的祥瑞，桓玄暗中指使人山寨，估計中國人撒謊成性就是那時開的頭。詭稱錢塘江邊的臨平湖多年淤塞，現已湖開水清。又稱江州百姓王成基家的竹子上降有甘露，命百官大加慶賀。歷代都有隱士，偏偏此時沒有，桓玄覺得特沒面子，趕緊派人找來了西晉著名隱士皇甫謐的六世孫皇甫希之，先讓希之隱居山林，提供各種費用，再征為著作郎，然后又指使希之故意推辭不接受，稱之為高士。時人覺得很可笑，戲稱這種隱士為“充隱”，著實娛樂了全國人民一把。

和王莽如出一轍，桓玄又想在國內廢止銅錢流通，而用谷帛作交換單位，“制作紛紜，志無一定，變更回復。”這是逆歷史潮流而動，最終一件事也沒辦成。桓玄是文人出身，喜好古人書法、圖書、名宅腴田，只要聽說別人有他喜歡的東西，一定把這個倒霉蛋請到府中，跟人家擲骰子。試想，和老板賭博，誰敢不輸啊，桓玄自然是百戰百勝。桓玄“尤喜珠玉，未嘗離手”，數世貴公子，竟然和暴發戶一樣，天天一把名貴首飾握在手心，睡覺都要摟著。